所有新注册的马来西亚公司必须在开始营业之日起的三个月内跟马来西亚内陆税务局申请公司的税务账号。马来西亚公司每年缴付公司所得税时都是根据已申请的税务账号付款给马来西亚内陆税务局。除了以上，在公司聘请第一个员工的七天之内，公司就必须跟公积金局和社会保险机构申请公司的公积金和社保账号。过后，每月都必须用已申请公司的公积金和社保账号来付员工的公积金和社保。
一、马来西亚公司注册的税收体系和制度
马来西亚联邦政府和各州政府实行分税制。联邦财政部统一管理全国税务事务，负责制定税收政策，由其下属的内陆关税局（征收直接税）和皇家关税局（征收间接税）负责实施。直接税包括所得税和石油税等；间接税包括国产税、关税和进出口税、销售税、服务税和印花税等。各州政府征收土地税、矿产税、森林税、执照税、娱乐税和酒店税、门牌税等。外国公司和外国人与马来西亚企业和公民同等纳税。
二、马来西亚公司注册的税收体系和制度主要税赋和税率
1、马来西亚公司注册的公司税：目前，内外资公司税为26%。但对缴足资本低于250万马币的公司，第一个50万马币收入的税率为20％，接下来收入的税率为26％。自2006年起的3年内，公司税自28％每年降低1个百分点。
2、个人所得税：采用0-28%的累进税率，并可获得减免，起征点为2500马币。对在马短期逗留和在马工作不满60天的非居民取得的收入可予免税。
3、预扣税：非居民公司或个人应缴纳预扣税，特殊所得（动产的使用、技术服务、提供厂房及机械安装服务等）10％；专利所得10%；利息15％；大众演出所得15％；依照合同获得承包费用：承包商15%、雇员3％。
4、销售税：对所有在马来西亚制造的产品和进口商品征税，平均税率为10％。
5、消费税：税率通常为5％，在服务收费或销售物品时征收，起征点介于15万至50万马币之间。
6、进口税：大多数进口货物需缴纳进口税，税率分从价税和特定税，从价税率介于2％－300%。
7、出口税：马来西亚对包括原油、原木、锯材和棕榈油等在内的资源性产品出口征收出口税。
8、印花税：企业资产首次达到10万马币的，征收1%的印花税，超过该金额的，征收2%的印花税。对于可转让票据，税率为0.3%。
9、国产税：本地制造的一些特定产品，包括香烟、酒类、纸牌、机动车辆等，须缴纳国产税。
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