深圳公司年报的办理程序如下：商事主体中属于公司、非公司企业法人、合伙企业、个人独资企业、企业分支机构的全部实行网上提交年度报告。即商事主体须通过网上年度报告系统按相关提示填写、提交年度报告。商事主体中属于个体工商户的可以采取网上或者纸质形式提交年度报告。个体工商户采取纸质形式提交年度报告的，需到辖区市场监管所（科）提交。
外国企业常驻深圳代表机构逾期未按规定提交年度报告的，深圳市市场监督管理局责令限期改正，处以1万元以上3万元以下的罚款；逾期未改正的，吊销登记证。
商事主体逾期未按规定提交年度报告的，深圳市市场监督管理局将根据《深圳经济特区商事登记若干规定》的规定，将其从商事登记簿中移出，载入经营异常名录，并纳入信用监管体系。
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