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随着孵化器的增加，孵化企业的增多，孵化器管理水平明显跟不上形势的发展。孵化器的基本功能也逐渐弱化。具体表现为：共享空间等同写字楼出租；共享服务等同物业管理；孵化企业等同招商引资；孵化器管理人员等同再就业工程；扶植企业的优惠政策因而形同虚设。
事实上，孵化器自身也是一个创新企业，正所谓“孵化别人的同时也在孵化自己”。因此，孵化器在孵化别人的同时，也必然有自己盈利的模式，这才具备生命力。鼓励民间资本参与孵化器的投资和经营，并对现有孵化器进行“多元化”改造是提高孵化器经营效益的重要途径，只有合格的孵化器才能孵化出有市场潜力的企业。成功的孵化器应该是一种技术或一个概念的产业化或商业化的“节点”。 孵化器应当具备两种作用，既可以吸引着无数好的创意、好的技术或好的产品，又可以吸引着资金实力雄厚的风险投资和大公司，这样才有可能会诞生一个著名的创新企业和一个新的产业。
专业化的孵化器运营模式
专业化的孵化器运营模式定义为：孵化器在依据自身专业特色资源、整合外部资源为在孵企业提供高效益、高质量的服务方面以及自身发展方面所形成的稳定的、推动孵化器正常运转的体系结构，这一结构由于其内部各要素之间的相互作用而不断得到发展。孵化器的运营模式可以分解为服务模式和营利模式两个方面：服务模式是指孵化器为在孵企业提供特色服务的方式方法，营利模式是指孵化器自身获取收益的方式方法，这两个方面统一于孵化器的运营模式中。化的孵化器运营模式大致分为四大运营模式：
模式一：技术转移型
以技术转移为特色，辅之以投融资功能，发挥服务联盟的优势，加强产学研的紧密结合，可简化为：技术转移+投融资+服务联盟。这类专业孵化器主要都是依托大学、科研院所建立的专业孵化器，将自身系统的科技成果进行成果转化。
模式二：技术服务型
这种模式是孵化器结合在孵企业的技术需求，建立技术平台，对企业开展测试、化验、技术培训等多种技术服务。在这类孵化器中，技术服务平台发挥了非常突出的作用。这类运营模式在北京市的孵化器中普遍存在，只是各自的服务重点有所不同。
模式三：产业链型
这种类型的孵化器一般依托大公司的背景资源，对一个技术领域内上下游资源进行整合，进而形成对研发、中试、生产、销售等整个产业链的孵化，这种孵化模式基本锁定了在孵企业的市场风险，有利于在孵企业快速形成产业化通道，用公式表示即：专业技术平台+生产基地+市场网络。
模式四：投融资型
这种模式是以投融资为主要服务内容，又辅以一定的专业技术平台，主要在若干技术领域内投资，因此还是表现出很大程度的专业性，可以简化为：投融资+专业技术平台。
投融资型孵化器的成功有两个先决条件。其一是孵化器具备雄厚的资金实力和较强的融资能力，另外则是有充足的可供投资的技术项目或创业企业源。在此情况下，孵化器可以通过经验丰富的投融资管理团队，利用资本运作手段开展投融资服务。但此类运作模式为保证投资的安全合理，不会将资金都投向小企业。其特征会促使其很快超越孵化职能。
值得注意的是，上述四种运营模式并不是孤立存在的，有的孵化器可能同时具备着两种以上的运营模式，尤其是综合孵化器在向化转型过程中，由于其实力较强，进行了多方探索，形成了复合型孵化器，即跨几个技术领域，又采取了灵活的运营方式。
华的孵化器是特殊形式的企业技术联盟
企业技术联盟是指两个或两个以上具有独立法人地位的行业龙头企业、高成长型企业、创业型企业、上下游关联企业或其他组织机构如大学、科研机构和中介机构等，为了适应技术快速发展和市场竞争需要而产生的优势互补或加强性组织，提高技术创新能力和借助外部技术资源共同增加企业核心知识和创新技术，以具有约束力的契约关系为依托，以共性技术和技术标准等为纽带，通过合作研发、资源共享、共同开拓市场等方式进行相互协作的利益共同体和合作组织。它也是企业战略联盟的核心目标之一，其更强调技术开发资源的互补或加强，并特别强调联盟成员在未来合作发展中的战略意义和地位，因此企业技术联盟是以多种技术资源为基础的资源整合性组织。企业技术联盟是一种新的技术开发系统，一种特殊的生产和技术贸易形式，一种企业联合打造竞争力的新兴组织形式。企业技术联盟不同于“产学研联合”或“官产学”联合，是知识经济时代重要的技术创新组织形式。登尼特城际产业联盟就是企业技术联盟较为具体的体现形式。
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