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随着社会经济的发展，产业结构会相应地发生改变，区域产业结构的演替与区域经济的发展阶段密切相关，反过来，产业结构的变化会对经济的发展产生影响。产业结构转化的国际潮流是产业高级化，其基本内容是向高附加值的方向发展。深圳经济特区成立以来，深圳的产业结构发生的快速变化，也是按此趋向发展。
目前，深圳基本建成“以高新技术产业、先进制造业为基础，以现代服务业为支撑的适应现代化中心城市功能”的新型产业体系。纵观深圳市1998年—2008年这20多年来的发展，产业结构的变化可以归纳为以下几个方面：
首先，非农化趋势明显。农业为主的第一产业，由于受城市化发展和土地资源的限制，以及农业生产本身的特点所制约，其发展规模和速度，远不及第二、第三产业，因而比重逐年降低。开放以前，深圳还是个落后的农业社会，但到1996年，第一产业在其国内生产总值中的比重已经下降到1.6%，深圳已成为一个完全的工业社会。深圳的经济增长主要表现在第二、第三产业的发展。
其次，1993年以前，第二产业发展速度相对快于第三产业，第三产业的比重相对稳定，三次产业构成的变化，主要表现在第一、第二产业的变动上。1993年以来，第三产业发展速度加快，占全市国民生产总值的比重从1993年的42.9%上升到近几年已接近50%。第三产业与第二产业已形成并行发展的格局。按发展趋势估计，第三产业在深圳经济结构中的比重将继续上升。
第三，不断优化和升级是深圳市产业结构变化的主趋势。深圳的产业结构以“三来一补”作为起点，经历了蛙跳式的演进，使幼稚的高新技术产业很快成长为深圳产业结构中的主导产业和支柱产业。强经济与技术的结合，使传统产业逐步引退，高新技术迅速崛起，第三产业蓬勃发展，不断产生新的经济亮点。近年来，深圳开始致力于调整和优化产业结构，确立了以高新技术为先导，先进工业为基础，第三产业为支柱的经济发展战略。推动经济建设由数量型、资源消耗型的粗放经营方式向质量型、效益型、集约化经营转变，走技术先进和内涵发展的道路，不断推进产业结构的升级换代。第一产业注重扶持“三高”农业、创汇农业，促进农业生产规模化、产业化；第二产业发展高新技术，加大技术改造力度，提高企业装备水平和产品技术含量；第三产业以高新技术产业和信息产业、生物技术产业的发展推动全市第三产业上规模、上等级。三大产业结构由1979年的37:21:42调整到2000年的1.2:50.5:48.3，接近发达国家的水平。
第四，各个产业内部的发展变化也相当明显。农业生产打破“以粮唯一”的单一格局，按贸工农综合发展的方向调整农业生产布局，使农村经济从自然经济向商品经济转变，从传统农业向现代化农业转变，农业生产朝着集约化经营和外向型方向发展。
第二产业内部结构不断向着新型化的方向转化，在不同的发展阶段则有不同的支柱产业。特区成立的前10年，“三来一补”的加工业是第二产业的主体，“八五”时期建筑业成为了第二产业中发展为迅速的行业。深圳的高新技术产业从1990年初起步，近10年得到迅速发展，高新技术产业已成为深圳经济发展第一增长点。1991年全市高新技术产品产值仅22.9亿元，1998年达655.18亿元，产值年均递增54.2%，占工业总产值的比重由8.1%提高到35%。随着深圳发展高新技术产业政策环境、市场环境的不断完善，深圳已经形成了计算机及其软件、通讯、微电子等高新技术产业群，并在周边地区形成了很强的产业配套纵深优势。
深圳的第三产业随着经济的发展，在不同阶段也有不同的增长点，呈现出内容多元化、新型化和高附加值的发展趋势，金融、信息、旅游、商贸、房地产、仓储、运输等新兴行业已发展成为深圳的优势产业。到目前，金融业、高新技术产业和现代物流业共同成为了深圳的三大支柱产业。1999年末，深圳金融业增加值占GDP的比重达到13.2%，占第三产业的比重达到27.4%，深圳作为中国两个全国性证券市场之一和金融机构较多的城市，将逐步发展成为区域性金融中心。再以游泳业为例，多年来，旅游行业一直充满活力，各项经济指标均居全国前列，产业地位不断提高。
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