深圳社团注册申请的审批机构是深圳市民政局。深圳社团注册，是指根据《社会团体登记管理条例》，在深圳市民政局进行社会团体成立登记的法定程序。在这里的社会团体，是指中国公民自愿组成，为实现会员共同意愿，按照其章程开展活动的非营利性社会组织。国家机关以外的组织可以作为单位会员加入社会团体。
根据《中共深圳市委深圳市人民政府〈关于深圳市人民政府机构改革方案〉的通知》（深发20099号），设立深圳市民政局（简称市民政局），为市政府工作部门。主要包括：婚姻登记管理、社会福利管理、优待抚恤，退伍、军休安置，收养管理、全市性社会团体管理、全市性民办非企业单位管理、全市性基金会管理、殡葬管理。
深圳民政局内设有办公室、人事处、优抚和双拥处、安置处、救灾救济和低保处、社会福利和社会事务处、基层政权和社区建设处以及社会工作处等。
深圳民政局的直属机构有深圳市老龄工作委员会办公室、深圳市救助管理站、深圳市社会福利中心、深圳市军供站、深圳市殡葬管理所等。
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